Das Desinfektionsprinzip von Natriumhypochlorit umfasst hauptsächlich drei Aspekte:
Hypochlorige Säure entsteht durch Hydrolyse, und hypochlorige Säure zersetzt sich weiter, um neuen ökologischen Sauerstoff zu bilden. Die stark oxidierende Eigenschaft von neuem ökologischen Sauerstoff denaturiert Substanzen wie Proteine auf Bakterien und Viren und tötet so pathogene Mikroorganismen ab.
Hypochlorige Säure kann in Bakterien (Viren) eindringen und mit organischen Polymeren wie bakteriellen (viralen) Proteinen, Nukleinsäuren und Enzymen reagieren und so pathogene Mikroorganismen abtöten.
Die von hypochloriger Säure produzierten Chloridionen können den osmotischen Druck von Bakterien und Viren erheblich verändern, was zum Aktivitätsverlust und zum Absterben ihrer Zellen führt.