Neben Schadstoffen befinden sich im Abwasser unzählige Bakterien und Viren. Daher wird die Chlordesinfektion häufig zur Abtötung von Bakterien und Viren im Wasser im Abwasser von Leitungswasser- und Kläranlagen eingesetzt.
Bei der Aufbereitung von industriellem Kühlkreislaufwasser wird Chlor auch zur Entkeimung und Entfernung von Algen eingesetzt. Bei der Kühlwasserzirkulation werden durch die Verdunstung eines Teils des Wassers die Nährstoffe im Wasser konzentriert, Bakterien und andere Mikroorganismen vermehren sich in großen Mengen und bilden leicht Schleimschmutz. Zu viel schleimiger Schmutz führt zu Rohrverstopfungen und Korrosion.
Bei der Chlorierung wird üblicherweise Chlor in Wasser injiziert, um Bakterien und andere Mikroorganismen abzutöten, meist in Flaschenchlor.
Um die bakterizide Wirkung aufrechtzuerhalten, sollte der Restchlorgehalt im abgeleiteten Wasser immer bei {{0}},5 ~ 1 mg/L und am Ende des Wasserversorgungsnetzes bei 0 gehalten werden. 0,05 ~ 0,1 mg/L.